Растительный мир Маркакольского региона отличается не только разнообразием, но и наличием редких видов, многие из которых имеют ограниченный ареал.
Один из них – поповник Келлера (Pyrethrum kelleri), реликтовый эндемик Южного Алтая. Это крайне редкое растение внесено в Красную книгу Казахстана. Его распространение ограничено небольшой территорией.
Еще один характерный для Маркаколя вид – прострел раскрытый, или сон-трава. Растение отличается яркими фиолетовыми цветками и характерным серебристым опушением. Весной оно заметно выделяется среди другой растительности региона.
Редкие виды растений являются частью уникального природного наследия Маркаколя и требуют бережного отношения и сохранения их естественной среды обитания.